
Po cywilizacji mutantów w Stanach Zjednoczonych panuje coraz większe napięcie i konflikty zwykłych ludzi. Sytuacja eskaluje, gdy jeden z mutantów brutalnie atakuje Prezydenta. W odpowiedzi na ten incydent Prezydent udziela generałowi Strykerowi specjalnych uprawnień do walki z mutantami. Wojna między nimi się toczy, ale tylko jedna rasa może wyjść z niej zwycięsko. Profesor Xavier, Wolverine, Storm i inni członkowie X-Men postanawiają połączyć siły z Magneto – ich dawnym wrogiem – aby powstrzymać niebezpieczne starcie, które grozi zniszczeniem dla wszystkich.